台湾省有机农业生产协会于民国86年12月26日成立，台湾省省级人民团体立案证书(八七)社二字第八二六号，为一人民团体，目的为办理有机农产品验证。民国88年理监事筹备有机农产品验证委员会。 89年经理事会决议同意设立有机农产品验证委员会(以下简称验证委员会)。第一届验证委员会草拟有机农产品验证办法、有机农产品生产基准、证明标章规定及证明标章使用要点，做为审查管理有机栽培农户的依据。 

随著有机农业不断快速发展，违规事件层出不穷，为有效管理有机栽培农户，民国90年验证委员会第一次修订有机农产品验证办法，增列「违规判定」及「违规惩处」条例。当时由于本协会验证委员多为理监事兼任，农委会建议本协会改聘资深农业背景学者、专家及业者担任验证委员，以维持验证的公正性与超然的立场。本协会同年改聘资深农业背景学者、专家及业者担任第二届验证委员会委员，并重新讨论修订本协会相关规范及积极申请农委会之有机农产品验证机构认证。 

民国92年顺利取得农委会农粮字第 0920020083 号函正式核定本协会为行政院农委会认证之有机农产品验证机构，经本协会注册使用之有机农产品证明标章，可加注「行政院农业委员会认证」字样。同年，因国际有机农法无「准有机」标准，农委会大符修订并公告修正现行法规。民国92年本协会改聘第三届验证委员会，并重新草拟有机栽培资格审查作业程序，明定验证审查作业程序的步骤，使农友有所依循将，并进一步修订本协会之有机农产品验证办法。民国94年有鑑于违规事件不断发生及业者申诉事件无法获得有效解决，另设立申诉评议会(以下简称申评会)及订定申诉管理办法，处理农友申诉案件。 

96年1月29日总统公布『农产品生产及验证管理法』，接续农委会公告配套作业的相关子法规定，本协会配合政府政策，有效管理有机农产品经营业者，确保食品安全，保障农业经营业者与消费者权益，并提升标准与国际接轨，故积极调整制度与运作，以向全国认证基金会提出认证申请。本协会为符合全国认证基金会ISO/IEC 17065及农委会相关规定，将第四届验证委员部份改组以符合公正性、利益迴避原则与TAF相关规定。同时，筹组谘议委员会针对本协会品质系统提供完整意见，确保有机产业发展能符合执行ISO/IEC 17065产品验证机构认证规范之规定，对有机农产品验证的施行能更加周延。